Zwalczanie grypy w fermach świń staje się trudne za sprawą krążenia wielu szczepów i wielu podtypów wirusa. Zakażenia u poszczególnych osobników utrzymują się do 5-7 dni lecz w odniesieniu do populacji są przewlekłe i wirusa grypy można wykryć niemal zawsze. Wirus grypy jest uważany za endemiczny w populacjach świń na całym świecie a przy uboju można stwierdzić 3-5% zakażonych tuczników.
Jedną z najważniejszych kwestii niezbędnych do zrozumienia zjawisk związanych z zakażaniami wirusem grypy i ich transmisją jest utrzymywanie się infekcji na poziomie populacji. Możliwe jest to dzięki temu, że pojedyncze osobniki obecne w populacji ulegają zakażeniu w różnym czasie, i/lub dzięki temu, że niektóre osobniki ulegają powtórnemu zakażeniu tym samym, lub innym szczepem obecnym w systemie produkcyjnym.
Obraz 3D struktury wirionu wirusa grypy. CDC/ Doug Jordan, M.A.
Czynniki przyczyniające się do utrzymywania się wirusa w populacji nie są w pełni poznane. Możemy jedynie spekulować na temat roli niektórych czynników na podstawie obserwacji terenowych. Niedawne badania wykazały, że wirus grypy może być wykryty przez co najmniej 70 dni w populacji warchlaków odsadzonych w ciągu jednego tygodnia, do której nie wprowadzano potem żadnych świń. Świnie wykorzystane w tych badaniach wybrano z fermy o zmiennym statusie szczepienia przeciw grypie. Na podstawie naszych doświadczeń, szczepienie loch przed porodem może pomóc w ograniczeniu występowania grypy lecz nie jest w stanie całkowicie wyeliminować krążenia wirusa.
Przy odsadzeniu zakażenie występuje u zmiennej, lecz zwykle niskiej liczby świń. Po odsadzeniu, i prawdopodobnie po obniżeniu się poziomu przeciwciał siarowych, wirus grypy szybko się rozprzestrzenia zakażając każde zwierzę w populacji. W badaniach przeprowadzonych na uniwersytecie w Minnesota wykazaliśmy, że praktycznie wszystkie świnie obecne w populacji uległy zakażeniu w ciągu 3 tygodni po zakażeniu a w czasie szczytu zakażeń wirus występował u 50% zwierząt. Po przejściu szczytu zakażeń występowanie wirusa spadło poniżej 2,5% lecz i tak wirus mógł być wykryty we wszystkich grupach wiekowych. W naszych badaniach zidentyfikowaliśmy drugi wybuch w około 7-8 tygodni po odsadzeniu. W tym drugim wybuchu, w czasie którego dominował inny podtyp wirusa niż w pierwszym, doszło do zakażenia wszystkich świń, które uległy zakażeniu w trakcie pierwszego wybuchu.
Na pierwszy rzut oka wyniki tych badań wskazywały na fakt, że wtórny wybuch grypy był wywołany przez zawleczenie nowego szczepu do populacji. Badania genetyczne wykazały jednak, że w czasie odsadzenia w populacji były już obecne oba wirusy, które z nieznanych względów wykazywały inne profile krążenia po odsadzeniu. Prawdopodobnie na sposób w jaki doszło do różnej transmisji szczepów wpłynął różny poziom odporności lub zarządzanie. Nawet po wtórnym wybuchu wirus grypy występował u co najmniej 2,5% zwierząt.
Ze względu na fakt, że odsadzone świnie mają ze sobą kontakt w kojcach, możliwe jest, że stale dochodzi tam do transmisji wirusa grypy. Wykrycie wirusa w nosie wskazuje na jego obecność lecz nie na aktywną infekcję. Być może w czasie ostrej fazy wybuchu znacząca liczba świń ulega zakażeniu, a po jej przejściu wirus może rezydować w górnych drogach oddechowych niektórych świń bez wywoływania objawów chorobowych, ze względu na obecność odporności.
W podsumowaniu należy stwierdzić, że w populacji warchlaków infekcja może być długotrwała, co może z kolei wskazywać, że zwierzęta te mogą stanowić rezerwuar wirusa dla innych świń i ludzi. Utrzymywanie zasady całe pomieszczenie pełne/całe pomieszczenie puste odgrywa istotną rolę w zabezpieczaniu przed transmisją grypy między grupami świń. Jest bardzo ważne dążenie do opracowania strategii umożliwiających odsadzanie świń wolnych od wirusa grypy oraz odpornych przez cały okres tuczu.