Wirusy grypy świń (SIV) należą do rodzaju Influenzavirus typ A, rodziny Orthomyxoviridae. Wirusy te są klasyfikowane na podstawie glikoprotein powierzchniowych: hemaglutyniny (HA) i neuraminidazy (NA), wśród których opisano 17 i 10 wariantów. Kombinacje wariantów HA i NA tworzą podtypy wirusa. Wśród świń głównymi podtypami są H1N1, H1N2 i H3N2.
Na podstawie wielu badań przeprowadzonych w Europie wiadomo, że seroprewalencja tych trzech podtypów (H1N1, H1N2 i H3N2) jest bardzo duża w krajach dużym pgłowiu trzody chlewnej. Na przykład w Belgii, Danii i Hiszpanii seroprewalencja tych podtypów wynisi ponad 30%. W Hiszpanii 94% ferm jest dodatnich co najmniej dla jednego podtypu. We Francji i UK stwierdza się wysoką prewalencję H1N1 lub H1N2, lecz ostatnio nie wyizolowano tam H3N2. W innych krajach jak Czechy, Irlandia i Polska, występowanie SIV wydaje się być niższe.
W tym samym stadzie można stwierdzić więcej niż jeden podtyp SIV (bezpośrednio: PCR i sekwencjonowanie; pośrednio: hamowanie hemaglutynacji). Taką sytuację opisano między innymi w Holandii, Francji i Hiszpanii. Na poziomie indywidualnym proporcja zwierząt posiadających przeciwciała dla więcej niż jednego podtypu może być wysoka zarówno u loch i tuczników. Wskazuje to na fakt częstych zakażeń SIV. Mimo to zakażenie nie zawsze skutkuje wybuchem choroby układu oddechowego. W wielu dodatnich fermach nie obserwuje się żadnych objawów klinicznych u zakażonych świń. Te obserwacje wskazują, że SIV występuje powszechnie wywołując zakażenia enzootyczne i subkliniczne.
Ryc. 1. Pochodzenie H1avN2 opisanego w Danii i Francji. Wirus ten powstał w wyniku reasortacji H1avN1 (dawca HA) i H1huN2 (dwaca NA). H1avN2 i H1avN1 należą do różnych podtypów lecz ich HA reaguje krzyżowo. H1avN2 i H1huN2 należą do tego samego podtypu lecz ich HA nie reaguje krzyżowo.
Klasyfikacja podtypów jest przydatna w celu lepszego zrozumienia epidemiologii i zmienności SIV jednak faktyczna zmienność SIV jest dużo bardziej skomplikowana. Problemy zmienności europejskich szczepów SIV podsumował dr Simon. W Europie możemy wyróżnić co najmniej 4 linie genetyczne HA; 1) wirusy spokrewnione z ptasim typem H1N1 (H1avN1), 2) wirusy spokrewnione z reasortantem ludzkim H1N2 (H1huN2), 3) wirusy spokrewnione ze szczepem pandemicznym H1N2 (H1N1pdm) i 4) wirusy H3N1.
Należy pamiętać, że SIV, jak i inne wirusy należące do rodzaju influenzavirus A, posiadają genom zbudowany z 8 segmentów RNA co pozwala im na ewolucję dzięki dwóm mechanizmom: 1) dryf – mutacje występują w pewnych miejscach HA (głównie) lub NA. Może to prowadzić do powstawania wariantów, które mają możliwość unikania odpowiedzi odpornościowej indukowanej przez wcześniejsze szczepy (główny powód sezonowej grypy u człowieka); 2) reasortacja – dochodzi do niej kiedy dwa lub więcej fragmentów RNA różnych szczepów ulegną wymianie (na przykład pojawienie się H1huN2 w 1994 roku, na skutek reasortacji między ludzkim H1N1 i świńskim H3N2).
Mimo, że trzy różne warianty H1 (H1avN1, H1huN2 i H1N1pdm) pochodzą od wspólnego przodka, nie występują między nimi antygenowe reakcje krzyżowe lub dochodzi do tego rzadko. Jest tak najprawdopodobniej z powodu faktu, że trzy warianty H1 wyewoluowały dzięki machanizmowi dryfu u trzech różnych gatunków zanim doszło do zakażenia u świń; H1avN1 u ptaków, H1huN2 u człowieka i H1N1pdm u świń w Ameryce Północnej. Ponadto, reasortacja może prowadzić do powstawania nowych szczepów wirusa grypy, które choć należą do danego podtypu, to mogę dawać antygenowe reakcje krzyżowe ze szczepami z innych podtypów. Przykładem takim jest szczep H1avN2 opisany w Danii i Francji. Szczep ten posiada HA spokrewniony z H1avN1 i w konsekwencji nie reaguje krzyżowo z H1huN2, lecz ze szczepami H1avN1 (ryc. 1).
Genetyczna i antygenowa zmienność wirusa grypy czasem ulega gwałtownym i dynamicznym zmianom. Opisano to w badaniach przeprowadzonych w Niemczech, Danii, Hiszpanii i Włoszech. Wykryto tam szczepy SIV, które są wynikiem reasortacji szczepów świńskich i szczepów z przypadków sezonowej grypy człowieka. Z tych względów jest niezwykle ważne monitorowanie SIV w celu poprawy naszej wiedzy na temat tego wirusa w Europie, rozprzestrzenienia zakażeń i ich wpływu na produkcję świń.