0
Artykuł
J Gen Virol. 2015 Jul;96(Pt 7):1830-41. doi: 10.1099/vir.0.000100. Epub 2015 Feb 23. Global molecular genetic analysis of porcine circovirus type 2 (PCV2) sequences confirms the presence of four main PCV2 genotypes and reveals a rapid increase of PCV2d. Xiao CT, Halbur PG, Opriessnig T.
Co było przedmiotem badań?
Ocena powiązań filogenetycznych szczepów PCV2, porównanie i analiza 1680 sekwencji otwartej ramki odczytu 2 (ORF2) PCV2 z zastosowaniem różnych metod statystycznych.
W jaki sposób przeprowadzono badanie?
Do analizy filogenetycznej PCV2 wykorzystano 1537 sekwencje genów ORF2 PCV2, które zostały opublikowane przed lutym 2014 r. w "GenBank", globalnej bazie danych genomowych oraz 143 dodatkowych sekwencji ORF2 z bazy danych Laboratorium Diagnostycznego Iowa State University (tj. łącznie 1680 sekwencji ORF2).
Jaki wynik otrzymano?
Badanie potwierdziło, że PCV2 można podzielić na 4 główne podtypy: PCV2a, PCV2b, PCV2c i PCV2d. Ponadto autorzy opisują 6 mniejszych pośrednich kladów mieszczących się między tymi podtypami. Jeden z nich wydaje się być ograniczony tylko do Azji. Jednakże szczepy tego kladu są raportowane na bieżąco, co sugeruje, że może jest on aktywny. Pozostałe pośrednie klady obejmują jedynie bardzo ograniczoną liczbę szczepów, dlatego mogą być uważane za nieaktywne. Mogą odpowiadać małym wygaszonym grupom wykazującym mniejszą aktywnosć: pośrednie, ewolujące szczepy wirusa; lub artefakty testu. PCV2c wydaje się być wymarłą grupą wirusów. Przynależność poszczególnych szczepów do różnych genotypów i kladów pośrednich czasami zależy od zastosowanego modelu statystycznego i od liczby szczepów odniesienia stosowanych do analizy.
Wyniki potwierdziły ponadto, że były dwie ważne zmiany z jednego podtypu do innego: w 2003 r. przed stosowaniem szczepionek PCV2, z PCV2a do PCV2b, a druga zmiana dotyczyła PCV2b do PCV2d, na przykład w USA głównie od 2011 do 2014 roku.
Dalsze badanie filogenetyczne sugeruje, że PCV2b i PCV2d ewoluowały niezależnie od siebie przez ponad 20 lat. Ponadto w każdym podtypie występuje ciągła rozbieżność genetyczna. Powód tego, że PCV2 ma wysoką szybkość mutacji, a także tak wysoką różnorodność genetyczną - nietypową dla wirusów DNA - nie jest znany. Nie jest znana przyczyna ciągłego pojawiania się szczepów i zmian genotypowych, które zostały zaobserwowane. Pierwsza zmiana miała miejsce przed wprowadzeniem szczepionek PCV2.
Jakie to ma znaczenie?
Badanie to wykazuje, że PCV2 ewoluuje znacznie szybciej niż inne wirusy DNA, a jego różnorodność jest szersza. Branża trzody chlewnej powinna nadal monitorować ewolucję PCV i określić jego znaczenie dla kontroli PCVD.
|
Ciągle się uczymy i jesteśmy zaskakiwani. Nauczyliśmy się, że wirusy DNA są znacznie stabilniejsze niż wirusy RNA, a zatem ich ewolucja powinna być mniej dynamiczna. Jednak wydaje się, że w przypadku PCV2 tak nie jest. Chociaż wiadomo o tylko dopiero od kilku lat (pierwsza sekwencja pochodzi z próbek z roku 1967), prawda jest taka, że wirus nie przestaje ewoluować. Jego genotyp nie przestaje się zmieniać, nawet jeśli znaczenia tej dynamiki w praktyce nie jest jasne. Wnioski z artykułu sugerują, że większa obecność genotypu PCV2d jest związana z powszechnym stosowaniem szczepionek, ponieważ większość izolatów pochodzi z próbek pobranych z gospodarstw o problemach klinicznych pomimo zastosowania szczepionki. Zbieg okoliczności rozpowszechnił przekonanie niektórych grup lekarzy weterynarii, że szczepionki nie chronią jednakowo przed wszystkimi odkrytymi typami genetycznymi PCV2. Myślę, że takie stwierdzenie jest słuszne, chociaż w żadnym momencie artykuł tego nie wskazuje. W rzeczywistości jeden z jego autorów opublikował więcej niż jeden artykuł wykazujący skuteczność komercyjnych szczepionek opartych na genotypie PCV2a na inne genotypy, w tym PCV2d. Nic więc dziwnego, że większość nowych wyizolowanych genotypów pochodzi z próbek zebranych w gospodarstwach z problemami klinicznymi, mimo że zwierzęta był zaszczepione. Jeśli nie ma problemów, nie ma potrzeby pobierania próbek. Z drugiej strony jest bardzo prawdopodobne, że problemy pojawiają się w gospodarstwach stosujących komercyjną szczepionkę. Jeśli przyjrzymy się sytuacjom, w których świnie mają objawy sugerujące cirkowirozę, szczepienie jest pierwszym środkiem, który wszyscy stosujemy (nawet przed wykonaniem jakichkolwiek testów diagnostycznych). I kiedy szczepienia są już wdrożone, sprawdzamy, czy jest ono prawidłowo wykonywane, ponieważ jesteśmy zaskoczeni, że szczepionki zawodzą, skoro ich efektywność jest tak duża. Artykuł podkreśla siłę obecnych testów diagnostycznych. Badania te umożliwiają wykrycie niewielkich zmian w genomie wirusa, pomimo ich ograniczeń, nawet w celu ustalenia porządku chronologicznego w wystąpieniu tych zmian, co pomaga nam ustalić relacje bliskości genetycznej lub oddalenia między różnymi izolatami. Niestety, nie zawsze znana jest specyficzna zależność pomiędzy genotypem a fenotypem i jest to jedna z takich sytuacji. Zmiany genetyczne mogą lub nie mogą być związane z zmianami antygenowymi i / lub zmianami w patogenezie, ale na razie w tym konkretnym przypadku, tego nie wiemy. Będziemy musieli poczekać, aż nauka dokona kolejnego postępu i rozwieje wątpliwości, które wciąż mamy na temat PCV2. |
