0
Cirkowirus świń typu 2 (PCV-2) jest jedną z najbardziej rozpowszechnionych infekcji wirusowych trzody chlewnej, powodując znaczące skutki ekonomiczne ze względu na bezpośrednie straty i pośrednie koszty jego kontroli. Podobnie jak inne wirusy ssDNA, PCV-2 charakteryzuje się wysoką szybkością ewolucji, co prowadzi do pojawienia się wielu wariantów o różnych cechach biologicznych i epidemiologicznych. Z czasem podjęto szereg prób organizacji heterogeniczności genetycznej PCV-2 w rozpoznawanych genotypach. Ta kategoryzacja wyraźnie uprościła badania epidemiologiczne, pozwalając zidentyfikować różne wzorce przestrzenne i czasowe wśród genotypów. Dodatkowo postawiono hipotezę zmiennej wirulencji i skuteczności szczepionek. Jednak szybki wzrost aktywności w zakresie sekwencjowania, w połączeniu ze znaczną zmiennością wirusów per se, zakwestionował wcześniej ustaloną nomenklaturę, co doprowadziło do zdefiniowania kilku specyficznych dla badania genotypów i utrudniło przeprowadzenie porównywalnych badań epidemiologicznych. W oparciu o te przesłanki podaje się zaktualizowany schemat klasyfikacji. Niniejsze badanie proponuje definicję genotypu w oparciu o trzy kryteria: maksymalną odległość p wewnątrz genotypu 13% (obliczoną na genie ORF2), wsparcie bootstrap w odpowiednim wewnętrznym węźle wyższym niż 70% i co najmniej 15 dostępnych sekwencji. Schemat ten pozwalał na zdefiniowanie 8 genotypów (PCV-2a do PCV-2h), z których sześć wcześniej zaproponowano. Aby zminimalizować niedogodności związane z wprowadzeniem nowej klasyfikacji, nazwy, które zostały już przyjęte, zostały zachowane, o ile to możliwe. Analiza metadanych związanych z sekwencją uwidoczniła wysoce niezrównoważoną aktywność sekwencyjną pod względem rozkładu geograficznego, gospodarza i czasu. Scenariusz epidemiologii molekularnej PCV-2 wydaje się zatem charakteryzować się poważnym odchyleniem, które może prowadzić do pozornego powiązania cech genetycznych i epidemiologicznych / biologicznych wirusa. Podczas gdy sugerowana klasyfikacja może ustanowić "wspólny język" dla przyszłych badań, należy podjąć dalsze starania, aby uzyskać bardziej jednorodną i informacyjną reprezentację globalnego scenariusza PCV-2.
Franzo G, Segalés J. Porcine circovirus 2 (PCV-2) genotype update and proposal of a new genotyping methodology. PLoS One. 2018;13(12):e0208585. Published 2018 Dec 6. doi:10.1371/journal.pone.0208585 PMID: 30521609 PMCID: PMC6283538 DOI: 10.1371/journal.pone.0208585
