0
Wstęp
Zespół rozrodczo- ddechowy świń (PRRS) jest jednym z najbardziej istotnych ekonomicznie patogenów wietnamskiego przemysłu trzodziarskiego. ORF5, który uczestniczy w wielu procesach funkcjonalnych, takich jak montaż wirionów, wprowadzanie wirusa do komórki gospodarza, oraz adaptacja wirusa do odpowiedzi odpornościowej gospodarza, jest szeroko stosowany w ewolucji molekularnej i badaniach filogenetycznych. Wiedza o ewolucji molekularnej szczepów PRRSV może przyczynić się do kontroli PRRS w Wietnamie.
Wyniki
Analiza filogenetyczna wykazała, że wszystkie szczepy należały do podrodzin 8.7 i 5.1. Podobieństwo nukleotydów i aminokwasów pomiędzy szczepami wynosi odpowiednio 84,5-100% i 82-100%. Ponadto wyniki wykazały różnice w podobieństwie nukleotydów i aminokwasów między dwoma podgrupami. Przewidywanie N-glikozylacji zidentyfikowało 7 potencjalnych miejsc N-glikozylacji i 11 glikotypów. Analizy sekwencji GP5 ujawniły 7 miejsc pod dodatnią presją selektywną i 25 pod ujemną.
Wnioski
Analiza filogenetyczna oparta na sekwencji ORF5 wskazała na różnorodność PRRSV w Wietnamie. Ponadto wykazano wariancję miejsc N-glikozylacji i pozycji pod selektywną presją. Niniejsze opracowanie poszerza istniejącą wiedzę na temat różnorodności genetycznej i ewolucji PRRSV w Wietnamie i pomaga w skutecznych strategiach rozwoju szczepionek PRRS w Wietnamie.
Hai Quynh Do, Dinh Thau Trinh, Thi Lan Nguyen, Thi Thu Hang Vu, Duc Duong Than, Thi Van Lo, Minjoo Yeom, Daesub Song, SeEun Choe, Dong-Jun An and Van Phan Le. Molecular evolution of type 2 porcine reproductive and respiratory syndrome viruses circulating in Vietnam from 2007 to 2015. BMC Veterinary Research 2016 12:256. DOI:10.1186/s12917-016-0885-3
