0
Wzrasta oporność bakterii na środki przeciwdrobnoustrojowe (AMR) oraz związana z nią zachorowalność i śmiertelność. Stosowanie środków przeciwdrobnoustrojowych u zwierząt hodowlanych promuje AMR, które można następnie przenieść się na ludzi. Ten przepływ AMR między rezerwuarami wymaga nadzoru inwentarza żywego i ludzi.
Określiliśmy ilościowo i scharakteryzowaliśmy nabyte zbiory genów oporności (rezystomów) 181 gospodarstw trzody chlewnej i 178 ferm drobiu z dziewięciu krajów europejskich (Belgia, Bułgaria, Niemcy, Dania, Hiszpania, Francja, Włochy, Holandia i Polska), sekwencjonując ponad 5000 Gb ADN za pomocą metagenomiki. W badaniu zidentyfikowano obecność 407 genów oporności na antybiotyki u ponad 9 000 badanych zwierząt.
Określiliśmy ilościowo nabyte AMR przy użyciu bazy danych ResFinder i drugiej bazy danych skonstruowanej dla tego badania, składającej się z genów AMR zidentyfikowanych poprzez badanie DNA środowiska.
Resistomy świni i drobiu różniły się pod względem liczebności i składu. Wśród resistomów występowały znaczące różnice między krajami, w szczególności u świń w porównaniu do drobiu. Stwierdziliśmy większe ilości AMR u świń, natomiast resistomy drobiu były bardziej zróżnicowane. Wykryliśmy kilka ostatnio opisanych, krytycznych genów AMR, w tym mcr-1 i optrA, których liczebność różniła się zarówno między gatunkami, jak i między krajami.
Stwierdziliśmy, że całkowity uzyskany poziom AMR był związany z ogólnokrajowym stosowaniem leków przeciwdrobnoustrojowych u zwierząt gospodarskich, i że kraje o porównywalnych wzorcach użytkowania miały podobne oporności. Jednak funkcjonalnie określone geny AMR nie były związane z całkowitym stosowaniem leków.
Patrick Munk, et al. Abundance and diversity of the faecal resistome in slaughter pigs and broilers in nine European countries. Nature Microbiology 2018. DOI: 10.1038/s41564-018-0192-9.
