0
Senekawirus A (SVA) to jednoniciowy wirus o dodatnim RNA , należący do rodzaju Senecavirus z rodziny Picornaviridae. Pierwszy szczep SVA, SVV-001, został zidentyfikowany jako zanieczyszczenie w supernatancie linii komórkowej PER.C6. Po raz pierwszy stwierdzono, że SVA powoduje idiopatyczną chorobę pęcherzykową świń (PIVD), w której dochodzi do powstania owrzodzeń i pęcherzyków na pysku świni i w jamie ustnej w Kanadzie. Od tego czasu nogniska były szeroko zgłaszane w Stanach Zjednoczonych, Brazylii, Chinach, Tajlandii i Kolumbii.
Od czasu pierwszego pojawienia się SVA w Chinach w 2015 r. nie było doniesień o izolowaniu SVA od świń bez objawów klinicznych, tylko z płynu pęcherzykowego. W tym miejscu określiliśmy nową kompletną sekwencję genomu szczepu SVA GX2018-92, który został wyizolowany od bezobjawowej świni w rzeźni w Chinach w czerwcu 2018 r. Nie wykazano żadnych zmian patologicznych, a próbka została zweryfikowana jako dodatnia na SVA RNA metodą odwrotnej transkrypcji. PCR (RT-PCR). Następnie przesączony supernatant podano do komórek BHK i przeprowadzono trzy serie ślepych pasaży aż do zaobserwowania efektu cytopatycznego. Wirus oczyszczono, a mRNA ekstrahowano przy użyciu TRIzolu (Thermo Fisher, USA). RT-PCR przeprowadzono przy użyciu zestawu One-Step PrimeScript RT-PCR (TaKaRa Bio, Inc., Japonia) wraz z 8 sparowanymi starterami (zaprojektowanymi zgodnie z sekwencjami szczepu SVV-001 [numer dostępu GenBank NC_011349] i chińskiego szczepu [numer dostępu w GenBank MF893200]) do amplifikacji całego genomu SVA.
Produkty PCR sklonowano i zsekwencjonowano (Sangon, Chiny). Sekwencje końcowe 5 'i 3' zostały określone przy użyciu zestawu do szybkiej amplifikacji końców cDNA (RACE; 3 'RACE i 5' RACE). Wszystkie fragmenty amplifikowano i sekwencjonowano trzykrotnie w obu kierunkach, a odczyty zebrano za pomocą DNAStar w celu skonstruowania prawie pełnej długości genomu SVA szczepu GXT2018-92.
Szczep ten składa się z 7280 nukleotydów (nt) i ma strukturę podobną do innych wirusów z rodziny Picornaviridae. Składa się z 668-nt 5 'nieulegającego translacji regionu (UTR), 66-nt 3' UTR i otwartej ramki odczytu (ORF), która mapuje od pozycji 659 do 6546 i koduje poliproteinę o długości 2182 aminokwasów. Poliproteina składa się z białka liderowego (L), czterech białek strukturalnych (VP4, VP3, VP2 i VP1) i siedmiu białek niestrukturalnych (2A, 2B, 2C, 3A, 3B, 3C i 3D). Analiza filogenetyczna wykazała, że GXY2018-92 był bliżej spokrewniony z chińskimi szczepami KY419132 i KY747510 niż z jakimikolwiek innymi szczepami SVA w GenBank. Mimo że wirus GXT2018-92 został wyizolowany z subklinicznej próbki, nie należy on do innej gałęzi ewolucyjnej niż inne szczepy, które mogą powodować objawy pęcherzykowe. Sekwencja genomu GXY2018-92 wykazuje 97,7% i 93,2% identyczności na poziomie nukleotydów z sekwencjami SVA szczepów SVA / HLJ / CHA / 2016 (numer dostępu w GenBank KY419132) i SVV-001 (numer dostępu w GenBank NC_011349). Ma największą homologię z klasycznym szczepem SVV-001, co wskazuje, że mutacje nukleotydowe szczepu epidemicznego nadal ewoluowały.
Podsumowując, te dane genomu dla GXT2018-92 ułatwią zrozumienie molekularnych cech ewolucyjnych SVA.
Zhang Z, Ni B, Zhang L, et al. Complete Genome Sequence of a Novel Senecavirus A Isolate from an Asymptomatic Pig in China. Microbiol Resour Announc. 2019;8(14):e01660-18. Published 2019 Apr 4. doi:10.1128/MRA.01660-18
