0
Poprzednie badania na zwierzętach, od których lub z których pozyskuje się żywność, wykazały związek między stosowaniem środków przeciwdrobnoustrojowych (AMU) a opornością (AMR) u specjalnie izolowanych gatunków bakterii. Dane dotyczące wielu krajów są ograniczone i opisują jedynie różnice między krajami. W tym miejscu badamy związki między mobilnym kałowym rezystomem świń a cechami charakterystycznymi na poziomie gospodarstwa w całej Europie. Badanie przekrojowe przeprowadzono wśród 176 konwencjonalnych ferm trzody chlewnej z dziewięciu krajów europejskich. Z każdej fermy zebrano dwadzieścia pięć próbek kału od tuczników, a uzyskane rezystomy określono przy użyciu metagenomiki typu shotgun i referencyjnej bazy danych Resfinder, tj. pełnego zbioru pozyskanych w poziomie genów AMR (ARG). Obliczono znormalizowane geny odporności na fragmenty na kilobazę odniesienia na milion fragmentów bakteryjnych (FPKM). Zebrano określone dane na poziomie gospodarstwa (AMU, bezpieczeństwo biologiczne). Metaanaliza skutków losowych została przeprowadzona według kraju, odnosząc dane na poziomie gospodarstwa do względnych liczebności ARG (FPKM).
Całkowity AMU podczas tuczu był dodatnio związany z całkowitym ARG (całkowity FPKM). Pozytywne powiązania zaobserwowano szczególnie między szeroko stosowanymi makrolidami i tetracyklinami oraz ARG odpowiadającymi odpowiednim klasom przeciwdrobnoustrojowym. Nie stwierdzono znaczących powiązań AMU-ARG dla β-laktamów i stwierdzono tylko kilka ARG kolistyny, pomimo dużego zastosowania tych klas środków przeciwdrobnoustrojowych u młodszych świń. Zwiększone wewnętrzne bezpieczeństwo biologiczne było bezpośrednio związane z wyższą liczebnością ARG, głównie kodujących odporność na makrolidy. Te skutki bezpieczeństwa biologicznego były niezależne od AMU we wzajemnie dostosowanych modelach.
Wykorzystywanie danych rezystomowych w badaniach asocjacyjnych jest bezprecedensowe i dodaje dokładności i nowych spostrzeżeń do wcześniej zaobserwowanych asocjacji AMU-AMR. Główne elementy rezystomu świń są dodatnio i niezależnie związane z AMU w gospodarstwie i warunkami bezpieczeństwa biologicznego.
Van Gompel L, Luiken REC, Sarrazin S, et al. The antimicrobial resistome in relation to antimicrobial use and biosecurity in pig farming, a metagenome-wide association study in nine European countries. Journal of Antimicrobial Chemotherapy. 2019; 74(4): 865–876. https://doi.org/10.1093/jac/dky518