0
W 2007 roku w Gruzji wybuchła epidemia afrykańskiego pomoru świń (ASF), śmiertelnej choroby świń domowych i dzików wywoływanej przez wirusa afrykańskiego pomoru świń (ASFV), która od tego czasu rozprzestrzeniła się na całym świecie. Historycznie ASFV był klasyfikowany do 25 różnych genotypów. Jednak nowo zaproponowany system przeklasyfikował wszystkie izolaty ASFV do 6 genotypów wyłącznie przy użyciu przewidywanych sekwencji białkowych p72. Jednak ASFV ma duży genom, który koduje od 150 do 200 genów, a klasyfikacje wykorzystujące pojedynczy gen są niewystarczające i mylące, ponieważ szczepy kodujące identyczny p72 często mają znaczące mutacje w innych obszarach genomu.
Metody: Przedstawiamy tutaj nową klasyfikację ASFV opartą na porównaniach przeprowadzonych z uwzględnieniem całego kodowanego proteomu. Wyselekcjonowana baza danych składająca się z sekwencji białkowych przewidywanych do zakodowania przez 220 ponownie przypisanych genomów ASFV została przeanalizowana pod kątem podobieństwa między homologicznymi sekwencjami białkowymi. Do macierzy identyczności białek zastosowano wagi i uśredniono je w celu wygenerowania macierzy identyczności genom-genom, którą następnie przeanalizowano za pomocą nienadzorowanego algorytmu uczenia maszynowego DBSCAN w celu rozdzielenia genomów na odrębne klastry.
Wnioski: Stwierdzamy, że wszystkie dostępne genomy ASFV można podzielić na 7 różnych biotypów.
Dinhobl M, Spinard E, Tesler N, Birtley H, Signore A, Ambagala A, Masembe C, Borca MV, Gladue DP. Reclassification of ASFV into 7 Biotypes Using Unsupervised Machine Learning. Viruses. 2024; 16(1): 67. https://doi.org/10.3390/v16010067