0
Wirus zespołu rozrodczo-oddechowego świń (PRRSV) jest ważnym patogenem świń wpływającym na globalny przemysł trzody chlewnej. Pierwszy system klasyfikacji linii genetycznych oparty na otwartej ramce odczytu 5 (ORF5) opisujący globalną różnorodność genetyczną PRRSV-2 został wprowadzony ponad dziesięć lat temu. Chociaż zaproponowano udoskonalenia dla dominującej linii w USA (tzw. linia genetyczna 1), system klasyfikacji filogenetycznej PRRSV-2 na poziomie międzynarodowym nie został dokładnie oceniony i zaktualizowany od 2010 roku.
Metody: W tym badaniu, na podstawie analizy 82 237 globalnych sekwencji ORF5 zgłoszonych w latach 1989-2021, sklasyfikowaliśmy PRRSV-2 na 11 linii genetycznych (L1-L11) i 21 podlinii (L1A-L1F, L1H-L1J, L5A-L5B, L8A-L8E i L9A-L9E).
Wyniki: Zaproponowany system klasyfikacji jest elastyczny, jeśli potrzebne są dodatkowe linie genetyczne, podlinie lub bardziej szczegółowe klasyfikacje. Na przykład, w celu dokładniejszego zbadania epidemiologicznego, L1C został dalej podzielony na pięć grup (L1C.1-L1C.5), przy czym L1C.5 odpowiada niedawno wyłonionemu wariantowi L1C. Porównanie typowania polimorfizmu długości fragmentów restrykcyjnych (RFLP) i klasyfikacji filogenetycznej ujawniło niedokładność wykorzystania RFLP do określenia pokrewieństwa genetycznego PRRSV-2 w większości scenariuszy. Określono homologię genetyczną sześciu komercyjnych szczepionek PRRSV-2 do każdej linii/podlinii oraz częstotliwość wykrywania wirusów podobnych do szczepionek. Przedstawiono globalne rozmieszczenie geograficzne każdej linii/podlinii. Czasowe dynamiczne zmiany PRRSV-2 w USA w latach 1989-2021 zostały zbadane poprzez analizę 73 092 sekwencji ORF5.
Wnioski: Podsumowując, w niniejszym badaniu udoskonalono klasyfikację filogenetyczną PRRSV-2 opartą na ORF5 oraz zbadano rozmieszczenie geograficzne i zmiany czasowe PRRSV-2 na poziomie linii/podlinii. Udoskonalony system klasyfikacji i dane epidemiologii molekularnej w tym badaniu będą nieocenione dla przyszłej charakterystyki PRRSV-2.
Yim-im W, Anderson TK, Paploski IAD, VanderWaal K, Gauger P, Krueger K, Shi S, Main R, Zhang J. Refining PRRSV-2 genetic classification based on global ORF5 sequences and investigation of their geographic distributions and temporal changes. Virology. 2023. https://doi.org/10.1128/spectrum.02916-23