0
W tym badaniu podłużnym, pobieraliśmy przez rok próbki z 5 ferm typu od urodzenia do odsadzenia. Zebraliśmy 4190 indywidualnych wymazów z nosa z trzech subpopulacji świń. 207 (4.9%) próbek uzyskało wynik dodatni w badaniu pCR na IAV. Udało się pozyskać 124 izolaty IAV Zsekwencjonowaliśmy kompletny genom z 123 izolatów IAV: 31 H1N1, 26H1N2, 63 H3N2 i trzy mutanty IAV. W oparciu o test hemaglutynacji zidentyfikowano siedem różnych grup wirusa grypy typu A (VG). Większość z pozostałych segmentów genomu IAV pozwoliło na zróżnicowanie tych samych VG, aczkolwiek zidentyfikowano także dodatkową grupę w obrębie segmentu genu 3 (PA). Ponadto udokumentowano kodetekcję więcej niż jednej VG IAV na różnych poziomach (ferma, subpopulacja i indywidualne zwierzęta), co podkreśla rolę środowiska w reasortacji IAV. Dodatkowo, 3 z 5 ferm zawierały izolaty IAV (n=5) z segmentami genomu z więcej niż jednej grupy VG i 79% wszystkich zsekwencjonowanych IAV zawierało mutecję punktową (S31N) w matrycy genu, który był odpowiedzialny za oporność na środek przeciwwirusowy amantadynę. Wśród ferm niektóre IAV były wykrywane jednokrotnie, a inne przez 283 dni.
Nasze wyniki ilustrują utrzymywanie się i zanikanie różnych IAV w fermach produkujących prosięta w czasie, wykazując, że dynamika subpopulacji świń jest ważna, aby lepiej zrozumieć różnorodność i epidemiologię świńskiej IAV.
ZNACZENIE: W skali globalnej świnie są jednym z głównych gatunków stanowiących rezerwuar dla wirusów grypy typu A (IAV) i odgrywają kluczową rolę w transmisji IAV między gatunkami. Ponadto, pandemia IAV z 2009 r. podkreśliła rolę świń w powstawaniu IAV z potencjałem pandemicznym. Jednakże dostępne są ograniczone informacje dotyczące różnorodności i rozmieszczenia IAV w gospodarstwach produkujących prosięta, w których mogą się pojawić nowe IAV. W tym badaniu uwzględniliśmy 5 ferm, z których pozyskiwaliśmy próbki przez rok. Scharakteryzowaliśmy genetyczną różnorodność IAV wśród trzech różnych subpopulacji świń, zwykle hodowanych w tego typu gospodarstwach. Wykorzystując technologie sekwencjonowania następnej generacji wykazaliśmy złożoną dystrybucję i różnorodność IAV wśród badanych subpopulacji świń. Nasze wyniki wykazały dynamiczną ewolucję IAV w obrębie ferm, co ma zasadnicze znaczenie dla podjęcia kroków dla zmniejszenia ryzyka transmisji między świniami i ze świń na ludzi.
Diaz A, Marthaler D, Culhane M, Sreevatsan S, Alkhamis M, Torremorell M; Complete Genome Sequencing of Influenza A Viruses within Swine Farrow-to-Wean Farms Reveals the Emergence, Persistence, and Subsidence of Diverse Viral Genotypes; J Virol. 2017 Jun 28. pii: JVI.00745-17. doi: 10.1128/JVI.00745-17.
