0
Postępy w sekwencjonowaniu DNA zwiększyły nasze możliwości w zakresie generowania dużych ilości danych, sekwencji, po niższych kosztach. Rozwój ten umożliwia wykrywanie mikroorganizmów i ich charakterystykę prosto z próbek klinicznych. Metoda a zwana jest sekwencjonowaniem meteganomicznym. Wirusowe sekwencjonowanie metagenomiczne zostało przeprowadzone na pięcie wymazach z nosa i pięciu wymazów z prostnicy zebranych od zwierząt z dwóch pierwotnych i dwóch wtórnych rynków ubojnianych, a także stacji zakupu świń rzeźnych w południowo-wschodnich regionach Stanów Zjednoczonych,. Sekwencje były montowane de novo i analizowane za pomocą BLASTN do identyfikacji wirusów znajdujących się w próbkach.
Zidentyfikowano dwadzieścia siedem różnych wirusów. Odczyty podobne do zróżnicowanej rodziny jednoniciowych kolistych DNA wirusów zidentyfikowano w prawie każdej próbce (47 z 50). Inne wirusy zidentyfikowano we wszystkich pięciu miejscach pobierania próbek; w ponad połowie próbek były bocawirus, torowirus, posawirus, wirus TorqeTeno, wirus IAS, picobirnawirus i teschowirus. W ponad 20% próbek zidentyfikowano enterowirusy, parwowirusy, wirusa grypy typu A, sapelovirusa i Senecawirusa A. Pozostałe istotne wirusy świńskie wykrywane rzadziej to cirkowirus świń typu 2, wirus epidemicznej biegunki świń i świński deltacoronawirus.
Podsumowując, powyższe wyniki sugerują, że sekwencjonowanie metagenomiczne jest potężnym narzędziem do identyfikowania i charakterystyki wirusów.
Hause BM, Duff JW, Scheidt A, et al. Virus detection using metagenomic sequencing of swine nasal and rectal swabs. J Swine Health Prod. 2016;24(6):304–308.