W następstwie zalecenia Trybunału Obrachunkowego, a także na wniosek ministrów państw członkowskich w 2011 roku w związku obawami dotyczącymi monitorowania ruchów produktów ekologicznych i spójność kontroli przywozu, nowe przepisy (rozporządzenie wykonawcze Komisji (UE) 2016/1842) mają na celu poprawę identyfikowalności produktów ekologicznych (a tym samym zwiększając bezpieczeństwo żywności) oraz zmniejszenie możliwości nadużyć. Oczekuje się również, że zmiany zmniejszą obciążenia administracyjne dla podmiotów gospodarczych i organów oraz zapewnią znacznie bardziej wyczerpującce dane statystyczne dotyczące tego rodzaju importu.
W praktyce zmiany te wymagają dodania tych świadectw do TRACES-istniejącego już elektronicznego systemu śledzenia produktów spożywczych w całej UE. Dostępny 24/7, system TRACES ułatwia handel poprzez umożliwienie partnerom handlowym i właściwym organom łatwego uzyskania informacji o ruchach swoich przesyłek i przyspieszenia procedur administracyjnych, a także ułatwia szybką reakcję na zagrożenia dla zdrowia poprzez śledzenie ruchu przesyłek i ułatwienie zarządzania ryzykiem odrzuconych przesyłek.
Po wejściu w życie dnia 19 kwietnia 2017 roku, przepisy przewidują 6-miesięczny okres przejściowy, podczas którego będzie używany zarówno system papierowy jak i e-certyfikacja. Od 19 października 2017 roku import organiczne będą ulegał tylko przez e-certyfikacji.